تأمین امنیت سرویس میزبانی تنها به تنظیمات سمت سرور محدود نمی‌شود و نحوه مدیریت وب‌سایت، افزونه‌ها، رمزهای عبور و حتی سیستمی که از طریق آن به هاست متصل می‌شوید نیز نقش مهمی در امنیت نهایی سرویس دارد.
در مرحله نخست توصیه می‌گردد از نصب برنامه‌ها، قالب‌ها و افزونه‌های نامعتبر یا دریافت‌شده از منابع غیررسمی خودداری نمایید. همچنین هسته سیستم مدیریت محتوا، قالب‌ها و افزونه‌های نصب‌شده باید به‌صورت منظم به آخرین نسخه پایدار با در نظر داشتن سازگاری قست های مختلف سایت از جمله افزونه ها، قالب ها و اسکریپت ها به‌روزرسانی شوند. برنامه‌ها یا اسکریپت‌های آزمایشی که نیازی به دسترسی عمومی ندارند نیز بهتر است حذف شده یا دسترسی به مسیر آن‌ها با رمز عبور محدود گردد.
استفاده از رمزهای عبور قوی و متفاوت برای پنل کاربری نت‌افراز، دایرکت‌ادمین، دیتابیس، حساب‌های ایمیل و بخش مدیریت وب‌سایت اهمیت ویژه‌ای دارد. رمز عبور مناسب باید حداقل شامل ۸ کاراکتر و ترکیبی از حروف بزرگ و کوچک، اعداد و نمادها باشد. استفاده از یک رمز مشترک برای چند سرویس نیز توصیه نمی‌گردد.
بخش‌های ورود سیستم‌های مدیریت محتوا، به‌ویژه وردپرس، به‌طور مداوم در معرض حملات خودکار Brute Force قرار دارند. به همین دلیل پیشنهاد می‌شود علاوه بر استفاده از رمز عبور قوی، در صورت امکان دسترسی به بخش مدیریت با روش‌هایی مانند محدودسازی IP، رمزگذاری شاخه مدیریت یا مکانیزم‌های تشخیص ربات مانند CAPTCHA محافظت شود.
برای اتصال به سرویس نیز توصیه می‌گردد از شبکه‌ها و VPNهای رایگان یا نامطمئن استفاده نشود.
ساختار فایل‌های سرویس نیز بهتر است منظم باشد. فایل‌های مربوط به تصاویر، بکاپ‌ها و سایر اطلاعات در شاخه‌های مشخص نگهداری شوند و فایل‌هایی که نیازی به دسترسی از طریق وب ندارند، تا حد امکان خارج از public_html قرار گیرند. منظم بودن ساختار فایل‌ها شناسایی تغییرات غیرعادی یا فایل‌های مشکوک را نیز ساده‌تر خواهد کرد.
پیشنهاد می‌گردد فایل‌های سرویس به‌صورت دوره‌ای بررسی شوند. در مدیریت فایل دایرکت‌ادمین می‌توان فایل‌ها را بر اساس زمان آخرین تغییر (Date) مرتب کرد تا فایل‌هایی که اخیراً و بدون اطلاع شما تغییر کرده‌اند سریع‌تر شناسایی شوند. در صورت مشاهده فایل یا تغییر مشکوک، بهتر است پیش از حذف یا ویرایش آن، موضوع برای بررسی فنی اعلام گردد.
در نهایت، امنیت کامپیوتر شخصی و حساب‌های ایمیل مورد استفاده نیز بخشی از امنیت سرویس میزبانی محسوب می‌شود. آلوده بودن سیستم شخصی، سرقت اطلاعات مرورگر یا دسترسی غیرمجاز به ایمیل می‌تواند حتی در صورت امن بودن خود سرور، اطلاعات ورود به سرویس را در اختیار شخص ثالث قرار دهد. بنابراین رعایت اصول امنیتی روی دستگاه‌ها و حساب‌های مورد استفاده برای مدیریت هاست نیز ضروری است.